Sebagai tindak lanjut Peraturan Presiden Nomor 13 Tahun 2015 tentang Kementerian Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi, telah ditetapkan Peraturan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Nomor 15 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi.
Susunan organisasi dalam Kementerian Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi terdiri atas:
- Sekretariat Jenderal;
- Direktorat Jenderal Pembelajarandan Kemahasiswaan;
- Direktorat Jenderal Kelembagaan Ilmu Pengetahuan, Teknologi,dan Pendidikan Tinggi;
- Direktorat Jenderal Sumber Daya Ilmu Pengetahuan, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi;
- Direktorat Jenderal Penguatan Riset dan Pengembangan;
- Direktorat Jenderal Penguatan Inovasi;
- Inspektorat Jenderal;
- Staf Ahli Bidang Akademik;
- Staf Ahli Bidang Infrastuktur;
- Staf Ahli Bidang Relevansi dan Produktivitas;
- Pusat Data dan Informasi Ilmu Pengetahuan, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi;
- Pusat Penelitian Ilmu Pengetahuan dan Teknologi; dan
- Pusat Pendidikan dan Pelatihan.